20世紀末、レイバーと呼ばれる人間型ロボットの急速な普及に伴う犯罪に備え、警視庁は、警察用レイバーを擁する特車二課パトロールレイバー中隊、通称パトレイバーを設立した。そして現在、レイバー衰退と共に解隊に瀕した特車二課の面前に、最新鋭の戦闘ヘリを自衛隊から強奪して、首都1,000万人を人質にしたテロリスト集団が現れる！ 機関砲、対地ロケット、ミサイルで完全武装をした上に、最新の熱光学迷彩を身にまとった“見えない戦闘ヘリ”グレイゴーストは、レインボーブリッジへの攻撃を皮切りに、上空500メートルに潜み、首都を蹂躙していく。警察最後の砦となった特車二課は、テロリストの暴挙を止めることができるのか!? そして、テロリストの目的とは？ いま、それぞれの守るべきものを賭けて、旧型警察用ロボと最新鋭戦闘ヘリの戦いの火蓋が切って落とされる！