フリンジ･チームは、新たに起きた国際線旅客機の事件を調査していた。旅客機での墜落現場では奇妙な残留物がはっけんされ、またしても謎のウイルスが原因かと思われた。ある人物の記憶から、有力な手がかりを得るチームだったが、事件の全体像や脅威の核心に迫ることができない。限られた選択肢と情報不足という苦しい状況で、オリビアとピーターは潜入捜査を余儀なくされる。
FBI捜査官でありながら裏の顔を持つミッチェル･ローブ。彼はドイツにいる服役囚ジョーンズを、この世のものとは思えない方法で脱獄させようと画策していた。その頃、オリビアが拉致される事件も起こる。一方、オリビアのかつての敵対者によって、フリンジ･チームの正式な見直しが行われることになった。だが、その矢先に疫学者が奇怪な死を遂げる事件が起き…。
ニューヨークのグランド･セントラル駅で自殺事件が起こった。その頃、ボストンにいたオリビアは、なぜか夢の中でその事件を目撃する。あまりの偶然に困惑しながらも、オリビア、ピーター、ビショップ博士は捜査を開始。だが、何の成果も得られないまま、同様の事件が次々と起こってしまう。状況が悪化の一途をたどるなか、ある実験薬とオリビアの幼少時代のことが明らかになっていく。
脊髄液を抜かれて殺される事件が発生した。フリンジ･チームが捜査を開始するが、被害者は増え続ける。やがて捜査線上に、ある科学者の名前が浮上する。それは、テロリスト組織との関係が疑われる人物だった。チームは、犯人の正体と殺人の動機を知り、衝撃を受ける。さらに同様の殺人が次々と起こり、一刻を争う事態に。オリビアたちは何とか犯行を食い止めようとするのだが…。
車のセールスマンが死亡し、その周りにべたつく液体が残されるという事件が発生。他の州でも同様の殺人事件が起こっていた。ビショップ博士はその液体が脳の構成成分と関係していることに気づく。次々と犠牲者が増えるなか、人間の脳を液化した方法を突き止めようとする3人。そして、ついに被害者の共通点を見出す。一方、オリビアは、大切な人が危険にさらされ、恐怖を感じていた。
