アンガス・スクリム

恋人ダニーにプロポーズされた大学院生のシドニーは、自分がCIAの秘密組織、SD-6の一員であることを彼に打ち明ける。だが、秘密を知ったダニーはSD-6に殺害されてしまう。その後、失意に沈むシドニーは父ジャックからSD-6は犯罪組織だと知らされる

暗号を解く為KディレクトレートとSD-6双方が獲得したものを持ち寄りケースを開ける。シドニーとアンナは暗号を暗記、解析を争う。その結果、そのコードはスペインのある教会の座標を示すものと判明。シドニーはそこに納められた「黄金の太陽」入手を命じられる。

Kディレクトレートはカジノー暗殺の為、殺し屋スノーマンを雇う。この情報を得たヴォーンはカジノーの居場所を突き止める為、スノーマンを追跡する。一方、データコアの情報を調べカジノーを追跡していたシドニー達は、ローラの画像を見つける。そこには衝撃の事実が…。

CIAの調査委員会が母ローラが生きているという結論を出したと知ったシドニー。母を捜す為、スローンにSD-6の任務を暫く離れたいと願い出るが、ローラのKGB時代の上司カジノーがらみの任務を与えられる。ウィーンに飛んだシドニーは仮面舞踏会に潜入する。

ベルリンでＣＩＡエージェントのウォレスが爆死した。ウォレスは、マルコヴィッチ博士の極秘プロジェクト"へリックス"を探るため、レノックスとペアを組み潜入任務に当たっていた。シドニーとヴォーンは、行方不明のレノックス救出のためドミニカへ。この時ダウンロードしたデータから、へリックス計画とはコピー人間を作り出す遺伝子再配列の技術であることがわかった。へリックスの装置を回収するため、シドニーはレノックスを伴ってポーランドへ向かう。装置を発見し調べた結果、2回使われた形跡があった。そこに本物のレノックスだと名乗る男が現れる。

スローンのふりをしている怪しげな男（ジョエル・グレイ）が再び現れる。今回、この男は預言者ランバルディのことを調べている。一方、本物のスローンについて衝撃の事実が明るみになる。