ニューオーリンズの沖合で小さな漁船を魚雷が襲う。プライド率いるNCISは、沿岸地域全体が危険に晒されているとして、魚雷を発射した潜水艦の行方を追う。
プライドとチームは15歳の少女の拉致事件を捜査する。まもなく彼女を預かることになっていた父親は、人里離れた森でサバイバル生活をする変わり者だった。