死刑囚リンカーン･バローズの弟で建築技師であるマイケル･スコフィールドは、ある計画に役立つタトゥーを上半身全体に入れて意図的に刑務所への投獄を受ける。そして、兄を救出するために、刑務所を設計した知識を用いて脱獄を計画する。
刑務作業全般を仕切っているアブルッチは、アクシデントによりマイケルの左足の小指が植木ばさみで切断されてしまったという。時間に迫られたマイケルは同じ監房に住む受刑者に助けを求めるが、受刑者はその計画を知り正常な同房者がいる房へ移るという。
マイケルはアブルッチと手を組み、ファルゾーニを呼んで一芝居打つ。そして、アブルッチを刑務作業のトップに戻すことに成功する。一方副大統領は、部下ケラーマン捜査官らの手際の悪さにいらだち、クィンを現場に投入する。
ジェシカの昔の夫を弁護することになったハーヴィーだが、そのせいで事務所でのジェシカとの関係がギクシャクすることに。一方、プロボノ案件でルイスにはじめての担当弁護を任されたマイクは、勝訴を勝ち取るために張り切る。
ライトマン・グループは、多重人格の女（ゲスト出演クリステンセン）が目撃者か殺人犯のどちらかかである殺人事件を調査する。他方、アメリカ合衆国大統領は、会社に最高裁判事候補の査問を行うよう求める。
