10年前のバイク事故で胸部から下が麻痺したハンターが、首の激痛を訴えて病院を訪れる。両足にも痛みがあり幻肢痛のようなものかと思われたが、MRIで確認すると損傷したと思われた神経は正常で、腫瘍が神経を圧迫していたことが分かる。腫瘍を切除すれば再び歩ける可能性があると知ったハンターは喜ぶが、腫瘍が脳幹に浸潤していて…。一方、アンドリュースは、別の病院で受けた美容整形で感染症を起こしたエマを診る。
サンフランシスコのIT企業で働くエリックの家に何者かが侵入。何とか脱出に成功したエリックは警察に助けを求め、知らせを受けたカレンとサムが現地に迎えに行くが、エリックが偽の捜査官たちに連れていかれたことが分かる。ロスに残って調べを進めるネルは、エリックの家から何も盗まれていなかったことを踏まえ、強盗ではなく誘拐事件だと推測。ケンジーはヘティに詰め寄り、エリックの副業には裏があったことを知る。
ジョー・ホワイトが、新型の鳥インフルエンザに感染した患者をハワイに搬送してきた。最新の薬を投与するためだ。しかし、このウイルスを利用して生物兵器を作ろうとするテロリストが、患者を連れ去ってしまう。この兵器が現実のものとなれば、世界が終わる―。
世間が注目する事件が起き、帰国したてのマックは休む間もなく、現場である自由の女神像に向かう。赤く汚された女神像に、警備員の女性の遺体が残され、男性警備員も1人行方不明だった。やがて、あと2人死ぬとのメッセージが発見される。
プライベートを楽しんでいたフラック。物音がして見に行くと、そこには見知らぬ男が。追跡をかわし、改造したスポーツカーで逃げ切った侵入者は「ジェームズ・ボンド」の異名を持つ話題の泥棒。だが翌日、その男が路上で遺体で見つかる。