ニュー･ディレクションズが全国大会で優勝し、マッキンリー高校が芸術学校に生まれ変わる。そして、ウィルはハリス教育委員長から校長に任命され、サムがグリー部の顧問を引き継ぐ。月日は流れ、カートとブレインは舞台で成功を収め、アーティはティナ主演の映画を製作し映画祭で上映されることとなり、メルセデスも歌手として忙しい日々を送っていた。レイチェルがトニー賞の候補となり、彼女のために仲間たちが応援に駆けつける。
ブレインとサム、アーティもNYへ出てくる。ブレインはカートと暮らし始めるが、距離が近くなりすぎて関係がギクシャクし始める。モデルを目指してNYに来たサムだったが、仕事が１つもなく、数ヵ月たった今でもカートのロフトに居候して毎日ダラダラと過ごしていた。アーティはNYの暮らしにワクワクしていたが、なんと地下鉄で強盗に遭ってしまう。レイチェルはスポンサーから自分専用の車を贈られて、いつものように調子に乗る。
病院は大忙し。ドックを手伝ってくれるおもちゃが必要ということで、仲間たちはお医者さんの勉強を始めることに。一方、病院の一員として認められようと一生懸命のスタッフィーだったが…
卒業式と共にグリー部が廃部になる日も近づいていた。そんな中、いまだ大学が決まらずに焦るティナは、みんなと一緒にニューヨークに行こうと考え、新たに大学に願書を出す。仲間の歌に心を動かされて和解を申し出たレイチェルをサンタナは冷たくはねつける。エイプリルとホリーはウィルやグリー部員を救うため、他のクラブに音楽を取り入れようと試みる。はたしてグリー部はこのまま廃部となってしまうのだろうか。
2009年。顧問のいなくなったグリー部をウィルが引き継ぐと決心し、たった5人の新しいグリー部が生まれた。最初のメンバーであるカート、メルセデス、ティナ、アーティは、当時どんなことを考えて高校生活を過ごし、どんなきっかけでグリー部への入部を決めたのだろうか。同時に、当時のウィルの結婚生活やスターを夢見るレイチェルを懐かしく思い出し、さらには、ウィルとスーの衝突の始まり、5人がどんな風にフィンを受け入れたのかが描かれる。
