アーマード・アサンテ

チャックの姉、エリーの病院に、ゴヤ首相が入院する。エリーの夫であるデヴォンはERで首相の命を救うが、彼を見たとたん、チャックの脳は激しく反応する。サラとチャックは、なんとか病室に潜入するが、ある手違いのため、チャックが一人で手術を行うことになってしまう。

ゴヤ首相が、以前彼の命を救ったデヴォンとエリーを、コスタ･グラバスに招待する。ベックマンに休暇をもらったチャックとサラも同行し、しばらくリラックスするが、そんな中でゴヤ首相がまたもや危険にさらされる。一方、モーガンは、父親の存在にビクビクしながらも、しだいに、ケイシーの娘、アレックスとの距離を縮めていく。

ある国際武器商人を捕らえたことから、NCISチームは海軍の極秘兵器システムが、“グルヌイユ”(アーマンド･アサンテ) と呼ばれる大物武器商人に売り渡されようとしていることを突き止める。

シーズン5の幕が上がり、NCISチームと狡猾な武器商人の最後の決戦は、爆発事件という衝撃的な結末を迎える。

ギブスは局長代理の任務に付随するお役所的な書類仕事を放り出し、NCIS本部に向かっていたタクシーの車内で見つかった他殺死体の捜査を指揮する。一方、ジェニーは自らの過去に関する秘密をつかむ。

NCIS局長が波乱含みのヨーロッパ視察旅行から戻り、ギブスと彼の部下たちは不本意ながら国土安全保障省によるポリグラフ検査を受けることに。複雑に絡み合うメンバーたちの秘密が明らかになる。