アーンジャニュー・エリス

ホッパー・バンクス邸で遺体が発見される。IDから身元が割れ、被害者はジェームズ・スミッソンというイギリス人だと判明するが、ジェーンはその経歴が偽りであると指摘する。彼はバンクスの娘の家庭教師で、この数カ月は邸宅の離れに住んでいた。一方、ジェーンとリズボン、CBIチームの新しい上司であるマデリーン・ハイタワーが登場する。

ジェーンは、誰かが侵入することを想定し、自分の部屋に偽の“レッド･ジョンの候補者”リストを貼っていたが、やがてCBIチームは、偽リスト上の人物が命を狙われ始めたことに気づく。捜査を進めるにつれて、巨大な秘密組織の存在が明らかになり、ジェーンは、身内を殺されレッド･ジョンへの復讐に執着する人物が自分以外にいることを知らされる。

著名な弁護士で州議会のロビイストが誘拐される。CBIがその事件を捜査することになるが、DLEの局長はジェーンに事件を担当させたいと思っている。だが、セカンド・シーズンで、宿敵の連続殺人鬼レッド・ジョンと直面したあと、ジェーンは捜査チームと自分の将来に確信がもてずにいた。

地方検事補のケリー・フラワーが自宅で殺害される。侵入した形跡がなかったことから、家に出入りできた者の犯行と推測され、ジェーンは即座に犯人を特定する。さらなる捜査の結果、この犯人が連続殺人犯である可能性が高まるが、肝心の証拠が何一つない。これ以上の犯行を食い止めるため、ジェーンとCBIチームはある賭に出る。

ジェーンとクリスティ－ナはついに初デートにこぎつけるが、その最中に事件発生の連絡が入ってしまう。被害者はアジア系の学生で、殺害方法がレッド・ジョンのスタイルであったが、ジェーンは偽物＝コピーキャットの犯行であると見抜く。しかし、この事件がきっかけで本物のレッド・ジョンが動き出す。ジェーンとレッド・ジョンの熾烈な頭脳戦が再び始まる！

ジェーンの義理の弟ダニー・ラスキンが町に戻り、殺人事件の捜査の巻き添えを食ってしまう。ジェーンは自分の暗い過去を再び振り返り、やりたくない気持ちとは裏腹に、手を貸さなくてはならなくなる。