空から落ちてきた遺体の一部を調査した結果、長時間宇宙にいたことが判明。ブレナンのチームはエイリアンとそれを隠蔽する政府の陰謀を疑う。また、ホッジンズがアンジェラに再びプロポーズを。
深い傷を負ったジュディスを病院へ運ぶダリル。外はウォーカーであふれていた。ロジータ、ユージーン、ゲイブリエルは必死にココを捜す。一方、マギーはパメラに対抗して武器を取る。次々に訪れる別れ…、絶体絶命の中、仲間たちは自分たちの未来を守るために結集する。
話は8年前にさかのぼる。その頃ジェーンは、妻と娘を殺したレッド・ジョンを突き止めることに全精力をかけていた。CBIにやって来たのも、レッド・ジョンに関する情報なら何でも手に入れたいという一心からだ。横柄な態度や突拍子もない行動でチームのメンバーを面食らわせながらも、鋭い観察眼で犯人を言い当てていくジェーンと、彼をしぶしぶ迎え入れたCBIを顧みる。
被害者が首に開けられた穴から失血死させられ捨てられるという連続殺人事件がLAで発生。犯人のプロファイリングを任されたリードは、さっそく犯人像を分析するが...。
ダリルとキャロルは、パメラによってコモンウェルスから姿を消した友人たちの行方を調査する。不運にも、唯一の手がかりはホーンズビーだった。一方、パメラはユージーンをコモンウェルスに代わって告訴するようユミコに依頼する。