イヴォンヌ・ファロー

腹部に巨大な腫瘍を抱え不安に陥る患者が、アレックスを気に入って担当に指名した。しかし口の悪さが災いとなり、アレックスは患者の前で恥をかく羽目に。デレクは、メレディスを助手につけ、パーキンソン病を患った不機嫌な患者のオペを検討する。しかし2人の恋愛関係を認めないベイリーは、メレディスに厳しい試練を課す。また外科部長の座を賭けたバークとデレクのバトルにも拍車がかかる。

シドニーはディクソンと共に、対生物兵器ワクチンの情報を握るドイツ人のシラー博士を、情報と交換にアメリカに逃がす任務につく。同時にヴォーンからシラーと彼と瓜二つの工作員ケルヴィンをすり替えるよう言い渡される。すり替えは無事に成功するが…。

シドニーが「モグラ」と判定された為、スローンはある罠を仕掛けたシドニー暗殺命令を出す。一方、シドニーは武器商人ハッサンの口座番号入手の為、トスカーナへ向かう。だが、その後の任務でCIAに流していた電波をマーシャルにモニターされてしまう。

遂にランバルディの装置が完成した。スローンは自らの計画のため、カンダハルの有力者カビールに接触する。その後、メキシコのバチカン大使館では、建物内の人間だけが燃え上がり焼死する事件が発生。それは完成したランバルディの装置、高エネルギー・パルス発生器によるものだった。シドニーは兵器回収に向かうが、スローンは既に兵器と引き換えに、ある書類の一部を受け取っていた。一方、シドニーのアパートでは盗聴器に続いて映像のトランスミッターが発見される。そして、フランシーが頻繁にサークからの連絡を受けるようになっていた。

アライアンス崩壊を果たしたシドニーは、大学院卒業を節目にＣＩＡに辞表を提出した。しかし卒業式の朝、スローンから電話が入り、アライアンス崩壊はすべて自分の策略だったと告げられる。その後スローンは、数学者のキャプラン一家を誘拐。その狙いは、キャプランの頭脳を利用して、その多くは兵器だというランバルディの作品を組み立てることだった。ＣＩＡでは、スローンが失踪直前に接触した男を調べ、スローンの行き先の手がかりをつかむ。

ＣＩＡによる襲撃中にエミリーが銃弾に倒れ、スローンらはヘリで逃亡した。その後スローンは、遺伝子解析データベースの解読を、拘束中の数学者キャプランに命じていた。一方、キャプラン家の通話記録を調べていたシドニーは、キャプランとロシア諜報員との関与を疑う。シドニーから事情説明を受けた妻のエルザは、実は自分こそがスパイであったことを告白、夫を助けたいとＣＩＡに出頭する。CIAでは、トスカーナ作戦の衛星画像が不正に外部流出していたことが発覚。数日後、ディクソンの妻が乗った車が爆破された。