イーサイ・モラレス

連続婦女暴行犯が橋の下で死体となって発見された。重大犯罪課のメンバーたちは、有力な容疑者として自身の娘も暴行の被害に遭った警察官に注目する。一方、ラスティの精神状態を心配したレイダーは、重大犯罪課のオフィスに精神科医を招く。精神科医はチェスのゲームを通してラスティのカウンセリングを行うのだった。

ワシントンD.C.に35年前から住むジョンソン家の裏庭から2体の白骨死体が発見された。夫チャールズは工務店を経営する模範市民で、妻ティナ、息子ライルの3人家族。発見された白骨は2体とも息子ライルと同年代の女性で、性器が切断され、10年前に埋められていた。DNA検査で1人の身元が判明した。ライルの高校の同級生、メアリーアン･ベックだ。BAUが取り調べ中に、さらに新たな白骨死体が発見され、それは35年前のものだと分かる。次々と発見される白骨が土の中に葬ったはずの秘密を暴いていく。

メリーランド州ボルティモアの路上で早朝、身元不明の男が昏倒して発見された。言葉を話せないこの男は脳にロボトミー手術を受けていた。人格を変えるため、かつて行われていた禁断の手術だ。メンバーが事件の説明を受けているところに、新任のマテオ･クルーズ新部長がやってきて、BAUのメンバーたちと同行して現場に向かうと言う。病院で意識を取り戻した被害者と言葉を使わずコミュニケーションを取ろうと試みるモーガン。捜査を進めるうち、犯人は被害者のほかにも女性を捕えて監禁していることが分かった。

JJとクルーズ部長が突然失踪した。BAUのメンバーたちはJJが国務省に異動していた頃、極秘任務に就いていたことを知る。この失踪事件で司法省、国防総省、国務省が大慌てだということは、救出が優先されない可能性があるため、チームがなんとしても2人を救出するしか方法はない。リードとガルシアは国家機密区分情報施設に行き、極秘任務について調べるうち、JJがストラウス、クルーズと一緒に、中東にいる写真を発見した。誰も知らなかった空白の過去が埋まるとき、過酷な運命の歯車が回り始める。

突然の銃撃戦が始まり、逃走した牧師のミルズはデレクが倒した。リードは首に被弾し、瀕死の状態で病院に運ばれる。クルーズの友人である保安官は犠牲になった。モーガンは保安官を狙った最初の1発目を撃ったのはミルズではなく、現場にいた真犯人だと気付く。さらに保安官を撃ったのは高音を出す警察関係の弾で、モーガンとリードは確かにその音を聞いたと言う。真実を暴こうとするBAUの捜査を阻もうとする地元の保安官補たち。誰が味方で誰が敵なのか、もう誰も信じられない。悪意に満ちたこの街で捜査は難航する。