ロングアイランドで、銃殺された上、両手を切り落とされた男性の遺体が発見された。彼の妻は行方不明。同じ手口の事件が他にも発生し、連続殺人事件としてBAUは捜査に乗り出す。ロングアイランド出身のロッシが現場に向かうことに。
インヒューマンズ対策のため大統領と密会するコールソン。シールドは密かに活動を続け、コールソンの下に新しいATCUの責任者をつけることで2人は合意する。一方、コロンビアのボゴタで、大量の武器が警察車両から一瞬にして奪われるという事件が発生。調査のため現地入りしたマックだったが、彼も武器同様に一瞬で消えてしまう事態に。やがて、シールドは防犯カメラ映像から、高速移動で武器を奪うインヒューマンズの姿を発見する。
マリックとペトリフを追いロシアに潜伏していたハンターとモースは、2人がシベリアにインヒューマンズの保護区を建設しようとしていることを突き止める。事態を知ったコールソンはハンターたちに、建設予定地にあるという機密施設へ侵入し、マリックの狙いを探るよう指示を出す。すると、彼らは施設内でロシア首相の側近クルピンの死体を発見。さらに、マリックたちの会話を傍受していたコールソンが“首相の暗殺計画”に気づき…。
父親を殺害された米海軍特殊部隊のスティーヴ･マクギャレットは、ハワイ州知事に誘われ、犯罪撲滅のための特別捜査チームを率いる。メンバーはハワイに来たばかりのダニー･ウィリアムズ刑事、マクギャレットの父親の元同僚チン･ホー･ケリー、そしてサーファーから警官へ転身した新人コノ･カラカウア。
窮地に立たされたブロディは一か八かのミッションを開始するが、脆いコンディションが全てに影響を及ぼしていた。そんな中、CIA司令部に向かう途中にクインが、キャリーの病歴を見てある事実に気づいてしまい、残りの任務からキャリーを外すよう提案する。突然の危機にチームは、ファラを再びメンバーに加えることを検討する。
