ウィリアム・B・デイヴィス

ダナ・スカリー捜査官は、フォックス・モルダー捜査官によって再開されたX-ファイルと呼ばれる事件の捜査に巻き込まれる。

モルダーが捕まえ獄中死したはずの犯人が、再び彼を脅かす。違法な実験を行う刑務所の医師によれば、彼はモルダーへの復讐に燃えているという。

モルダーはプエルトリコでのエイリアンとの接触を調査するため、新しい仕事を辞める。そしてスカリーは、彼の失踪についてFBIに質問され、手がかりを追い始める。

ディープ・スロートは、行方不明の逃亡者と地球外ウイルスのクローンに関わる危険な事件の情報をモルダーに伝える。

モルダーが投獄に協力した、超自然的な殺人者である食人ミュータントのユジーン・トゥームズが精神病院から釈放される。奇妙な遺伝子を持つ彼は、30年の冬眠の前に人間の肝臓を食べようとする。

スカリーが超自然的な力によって拉致されてしまい、モルダーは必死に彼女の捜索に乗り出すが、見事な裏切りに阻まれてしまう。