1年後。シモンズとデイジーたちは、宇宙でフィッツの行方を捜し続けていた。彼女たちはフィッツの船の情報を持っていると思われる異星人トロクと接触し、フィッツの低温凍結カプセルを発見するが、その中は空っぽだった。一方、地球ではマックを長官として新たにシールドが始動。彼らはインディアナ州の公園で異空間に通じる扉が開いたと聞き、駆け付ける……。
サージたちはコンビニを襲い、物資を調達する。その後、重要物質「PEG」が無いことに気付いた彼らは、宝石店へ強盗に入る。彼らを捕まえるべく捜査を続けるシールド。コンビニで採取されたサージのDNAをベンソンが分析し、驚くべきことを発見する。一方、宇宙ではフィッツが異星人に化けてシヴィア人の船に乗り組んでいたが、地球人だと素性がバレてしまい……。
シールドの基地に連行されたサージは、コールソンとそっくりなためエージェントたちの注目を集める。サージはマックに対し、「今日の終わりには俺が上に立つ」と謎めいた予言をする。そんな中、ディークがサージの追跡装置の暗号を解除し、シールドが2匹のシュライクを探知。宿主たちを確保するが、1つのモジュールに入れたところでメイとエレナが危険な状態に陥って……。
ジャコを引き連れゼファーを制圧したサージは、どんな犠牲を払っても目的を遂げようとし、マックと対立する。メイとデイジーは、トラックに積まれた爆弾をディークに解体させようとするが、なかなかうまくいかない。しかもそれが原子爆弾だと分かり……。一方、レイジー･コメットのクルーたちの異変に気付いたフィッツとシモンズは、それがアイゼルの仕業であることを知る。
シールドでは、ケラーがエレナとの関係をマックに打ち明けようとするが、話をさえぎられてしまう。そんな中、サージの一味による新たな犠牲者がシールド基地内に運ばれる。異様な遺体をベンソンが検視すると、遺体の中に鳥のような寄生生物がいた。その生物は飛び立ち、ケラーの体内に入り込んでしまい……。一方、サージはディークに会いに、VRゲーム会社を訪れ……。
