血に飢えた新婚カップルがモンタナ州で大量殺人を繰り返していた。何のためらいもなく引き金を引く男と女を結びつける絆は、行く先々で無差別に人の命を奪うことだった。次に彼らが狙った場所がモンタナ州ヘレナにある断酒会の会場だったことから、犯人たちが断酒プログラムで知り合った可能性を追ってBAUが捜査を進める中、レイ･ドノヴァンという若者の名が浮上してきた。そんな中、犯人たちはレイの実家に向かっていた。
タルボットが国連本部で演説しているところに、ヒドラのスカーロッティ率いる武装集団がシールドを名乗って急襲する。謎の武器によって6名が死亡、負傷者は数十名に上った。ホワイトホールがシールドに新たな汚名を着せ世界中を敵に回そうとしていることを悟ったコールソンは、そのもくろみを阻止すべく動き出す。
海軍将校の結婚披露宴でシャンパンを飲んだ者が8名死亡する。その症状はオベリスクによるものと似ていた。コールソンたちはヒドラの仕業と確信するが、海軍が部外者をシャットアウトして対応しており、現場を調べることができない。
異星人の記号が街の設計図だとわかり、その街を探すためにコールソンはスカイ、フィッツ、トリプレットを連れてハワイのオアフ島へ向かう。そしてオアフ島の空軍基地のシステムをダウンさせる準備を整えると、次はオーストラリアへ。街を見つけるのに必要な衛星ネットワークはオアフで管理されているが、警備が厳重で侵入できない。そこでオアフがダウンした時に切り替えられるオーストラリアを狙うことにしたのだ。
メイ、トリプレット、ハンター、モースの4人は逃亡したウォードを追跡するが、巧みにかわされなかなか取り押さえることができない。留守番するスカイはコールソンの衝動が悪化していることを知って心配する。そんな時にニューヨークで起きた殺人事件の被害者の体に異星人の記号が刻まれていたことがわかる。
