血に飢えた新婚カップルがモンタナ州で大量殺人を繰り返していた。何のためらいもなく引き金を引く男と女を結びつける絆は、行く先々で無差別に人の命を奪うことだった。次に彼らが狙った場所がモンタナ州ヘレナにある断酒会の会場だったことから、犯人たちが断酒プログラムで知り合った可能性を追ってBAUが捜査を進める中、レイ・ドノヴァンという若者の名が浮上してきた。そんな中、犯人たちはレイの実家に向かっていた。
メイのスーパー操縦術でヒドラの撃墜を逃れたバスはサン・フアンに向かい、コールソンたちと合流する。レイナとスカイがヒドラにさらわれたことを知ったコールソンは、ヒドラの到着前に地下都市を爆破することを決意する。
海軍将校の結婚披露宴でシャンパンを飲んだ者が8名死亡する。その症状はオベリスクによるものと似ていた。コールソンたちはヒドラの仕業と確信するが、海軍が部外者をシャットアウトして対応しており、現場を調べることができない。
異星人の記号が街の設計図だとわかり、その街を探すためにコールソンはスカイ、フィッツ、トリプレットを連れてハワイのオアフ島へ向かう。そしてオアフ島の空軍基地のシステムをダウンさせる準備を整えると、次はオーストラリアへ。街を見つけるのに必要な衛星ネットワークはオアフで管理されているが、警備が厳重で侵入できない。そこでオアフがダウンした時に切り替えられるオーストラリアを狙うことにしたのだ。
自分自身が信用できなくなり、ハンターをやめる決意を固めたサム。だが、ある夜 夢の中に現れた恋人のジェシカが、サムに何度も語りかけ、彼の気持ちは大きく揺さぶられる。一方 “世界の終末”を阻止するために一人で狩りを続けているディーンは、天使のカスティエルと共に大天使ラファエルを捜し出し、神の居場所を突き止めようとするのだった。