ベスとランダルは新しい日常に慣れる。ケイトとトビーは、赤ちゃんのジャックと一緒に過ごす。ゾーイとケヴィンは2人の関係を改善しようとする。
ペアを組んで初めて手掛けた事件の再捜査を行っていたモルダーとスカリーが、UFOによって引き離されてしまう。
サムブラウンのカジノでイカサマをした2人の男性の死体が発見された。
スカリーとドゲットは、かつて誘拐された者がエイリアン・ヒーラーによって病気が治った状態で無事に地球に帰還するという事件を追うが、その結果モルダーの遺体を発見する。
カップケーキの移動販売をしているジルがパトカーに追突した。飲酒運転で逮捕されるが、罪状認否でレイプされたと訴える。マッチングアプリで知り合ったルークとデートしたが、何も覚えていなかった。メッセージを送るも、彼はデータを削除し連絡を絶つ。レイプドラッグを使った犯行と思われたが、薬物検査の結果は陰性。しかし、4ヵ月前にブルックリンでもルークに薬を盛られてレイプされたと訴えた女性がいたことが判明する。
