フリンジ・チームは、巧妙な闘略を用い、監視人たちの激しい攻撃を防いでいた。闘いで重要な鍵となるテープを捜し始めたフリンジ・チーム。手に入れた1本目のテープから、ある場所の手がかりを得る。さっそくその場所へ向かったところ、ある男たちに囲まれ、テントへと連行されてしまう。そこで出会ったのは、監視人の侵略以降の歴史を記録しているエドウィンだった。
テープ2を見たビショップ博士たちは、指示書がペンシルベニア駅の地下鉄のプラットホームにあることを知るが、駅は、監視人やロイヤリストたちに守られており、侵入は極めて難しい。攪乱する手段が不可欠だと聞いたビショップ博士は、メンバーに、あることを明かす。一方、ブロイルズが再び登場する。果たして彼は、フリンジ・チームの敵なのか、味方なのか。
キャスリンの物と思われる心臓の入った“宝石箱”からは指紋が検出され、自宅からは“布に包まれたナイフ”が発見されると、メアリーの逮捕に踏み切るエマ。それでも、メアリーの無実を信じるエマはヘンリーの力を借りて、レジーナの仕掛けた“罠”を探り始める。そしてメアリーに「黒幕は、たぶんレジーナ。私はあなたを信じている」と言い、無実を証明することを約束する。ところが、催眠療法を受け“過去の記憶”を取り戻し始めたデヴィッドが、犯人はメアリーと疑い出し…。
ストーリーブルックにもう1人の自分がいるのが気に入らない悪い女王は、レジーナを殺そうとする。フックはネモ船長にエマとのことを相談し、アドバイスをもらう。しかし過ちを正そうとした矢先、ギデオンが邪魔に入る。