エドワード・J・オルモス

プエルトリコでスカイに撃たれたウォードは、ホワイトホールを失ったエージェント33に救われ、逃避行を続けていた。ウォードは真意は不明ながら、エージェント33に素顔と自尊心を取り戻させようと計画。エージェント33のナノマスクを巧みに利用して空軍基地に潜入し、洗脳される前のエージェント33を知るバクシを拉致、ナノマスクは外せないもののついに素顔を取り戻す。

冒頭、シールド崩壊の日の回想シーンによって、モース、マック、ゴンザレス、ハートリーの関係が明らかになる。シールドの空母イリアッドの艦長だったゴンザレスはヒドラの攻撃によって絶体絶命。そこへフューリーの命を受けたモースとハートリーが救出に現れ、イリアッドのチーフ･エンジニアだったマックと共にゴンザレスを助けたのだった。

ゴンザレス側に投降したコールソンは、北極にあるヒドラの基地への潜入作戦を提案する。そこはストラッカーとリストが能力者の人体実験を行っている場所で、まず少人数で潜入してマイク･ピーターソンを救出し、ミサイル･システムを解除し、そのうえでゴンザレスたちが基地を破壊するという作戦だ。無謀な作戦のため幹部のウィーヴァーとオリヴァーは異議を唱えるが、コールソンが身内だけを連れて行くと名言したためゴンザレスは賛成する。

「シータ･プロトコル」とは新たなヘリキャリアの建造のことだった。これによってウルトロンによる人類滅亡計画を阻止したコールソンはシールド長官の地位を守り、ゴンザレスたちは顧問団としてコールソンに助言を与えることになった。

ゴードンに助けを求めたスカイは、目覚めると「アフターライフ」と呼ばれる山の中の施設で目覚める。そこで変化を助ける「トランジショナー」のリンカーンと出会い、様々な説明を受ける。その施設にレイナがいることを知って激怒するスカイの前にジャイーンが現れ、力のコントロールを教える「ガイド」だと名乗る。

強力なニューヨークギャングのリーダーが殺害され、縄張り争いがライバルのギャングの間で勃発する前にCSIは犯人を見つけることができるか?