パラグアイのジャングルで狡猾な反政府組織と戦っていたギブスとマクギー。2人が最後に目撃されてから2ヵ月が経ち、残されたDCのNCISチームは2人の行方を辛抱強く追っていた。一方、ヴァンスとトーレスはパラグアイでの任務の失態について説明するよう聴聞会に呼ばれる。今、シーズン15の幕が上がる。
男女の賃金格差などを是正する法律を成立させたエリザベスは、法案署名式に女子サッカー代表選手を招いて勝利を祝う。だがもう一人のゲストである一般女性のフロー･エイヴリーに男女差別についての厳しい意見をぶつけられ、エリザベスはさらなる画期的な政治的取り組みに挑戦することを決意するのだった。スティーヴィとディミトリの結婚式に政治を介入させまいと奮闘するラッセルは、自身の結婚に問題を抱えていた。
フランクの友人であり、元FBI捜査官であるウィルソン･オルテガ (エミリアーノ･ディエス) の妻が謎の自殺を図る。彼女は病気の末期患者であった。フランクは、ジェイミーの管区内で起きたこの事件に深く関わろうとする。一方、より意義のある事件に取り組むことを宣言したエリンは解決不可能な強盗事件に着手する。果たしてアンソニーの力を借りて、解決できるのか…。
