2003年、建築関係の仕事をしていたジョエルは、娘のサラと平穏に暮らしていた。だがある日、町で謎の寄生菌が発生し、自我を失って凶暴化した人たちが周囲の人に襲いかかる事態となり町を脱出することに...。
SONAでの権力を手下のサミーに奪われたルチェロ。サミーの妨害にあい、マイケルの脱獄計画は崩壊するかに見えたが…。
ワイオミング州に到着したジョエルとエリーは、山小屋でひっそりと暮らすマーロンに出会う。弟のトミーを捜しに西へ向かおうとするジョエルたちに、マーロンは「死の川は決して渡るな」と警告するのだった。
シールドを離れたデイジーは「クェイク」となり、テロリストたちの資金源や逃走ルートをつぶすために暗躍していた。そしてその中で、悪魔と取引をしたゴーストライダーの存在を知ってしまう。一方、新長官を迎えたシールドでは皆の業務も変化していた。そんなある日、ロサンゼルスで殺人事件が発生。犯行が疑われたのはデイジーだった。コールソンとマックはデイジーが逮捕される前に見つけようとロサンゼルスに飛ぶ…。
チェンたちが散乱した現場から押収した箱は、正体不明のテクノロジーを内蔵したものだった。箱の内張りに使われていた合金から「モーメンタム研究所」との関係が浮かび上がる。研究所には霊体のルーシーたちがいた。彼女が魔術書「ダークホールド」を使ったことにより、数年前からそのような状況に陥っているらしい。一方、コールソンは新長官メイスに呼び出され、シールドの見学に来た下院議員の案内を命じられる…。
