UFOの技術を利用した航空機を操縦していたテストパイロットが失踪した。モルダーとスカリーは真相を探るために政府に反抗することになる。
2人の死因は人間サイズの寄生虫によるものとされ、この事件をきっかけに当局はX-ファイル課の閉鎖を再考することになる。
デヴィッドは記憶が戻らぬまま退院。妻キャスリンも知人たちのことも思い出せず、確かなのはメアリー・マーガレットに運命を感じることだけだった。一方、メアリーもなぜかデヴィッドに惹かれていく自分に戸惑いを感じていた。一方、おとぎの世界。魔法の手でなんでも黄金に変えられるミダス王は、王国を襲う竜を退治する戦士を探していた。ジョージ王の勇敢な息子ジェームズが次の戦士に選ばれるが…。 "
ジョージ王に追われるチャーミングと白雪姫。２人は二手に分かれ、チャーミングの母ルースが待つ小屋で待ち合わせるが、白雪姫はジョージ王に雇われた騎士ランスロットにつかまり、ジョージ王の前へ。チャーミングを憎むジョージは、自身の妻が呪われ、子どもを持てない体になったことを話す。そしてチャーミングへの復讐に白雪姫にも同じ呪いをかけ、森へ放り出す。
白雪姫とデヴィッドの心臓を渡さなければストーリーブルックの街を破壊すると、悪い女王が脅してきた。エマ、フック、ヘンリーが街の守りを固める中、白雪姫、デヴィッド、レジーナは「真実の愛から生まれた苗木」を探す。
