あれから2年ーーアメリカ国内では短期間でのテロ攻撃が相次ぎ、被害者数が膨れ上がっていた。頭を悩ます大統領ウェイン・パーマーは、苦渋の決断をする。それは、20ヶ月間中国政府に監禁されていたジャック・バウアーを開放させることだった。
シーズン5の衝撃のラストから20カ月、相次ぐ自爆テロを食い止めるため、そしてテロの首謀者を突き止めるため、ジャックは捜査を進める。
テロリストを追い続けるジャックは核兵器の起動を阻止しようとするが、カーティスが思わぬ行動に出て…。一方、貸倉庫に踏み込んだチームに予想外の事態が起こる。
テロの首謀者とされていたハムリ･アル＝アサドと行動を共にするジャック。2人はある男の行方を追いロサンゼルスの貸倉庫に向かっていた。
シェルドンとエイミーの超非対称性理論がシカゴの2人の物理学者によって証明され、2人は大喜び。学長はこれでノーベル賞を狙えると一層乗り気になり、実験を行ったペンバートン博士とキャンベル博士が、シェルドンとエイミーに会いにロサンゼルスにやって来るのだが……。
