逆さづりのジェットコースターから乗客が転落死した。救命に携わったバックは、あと数センチのところで手が届かず1人の男性を救出できず落ち込むが、残りの4人を救出したヒーローとしてニュースでもてはやされる。全員を救助できなかったにもかかわらず、周囲から不本意な高評価を受けることに悩み、現場に立てないほどのトラウマを抱えたバックだったが、仲間の助言で命を救えなかったとしても、それを受け入れ前に進むことを学ぶのだった。
SEALの隊長がタリバンの捕虜を殺害したという深刻な告発を受け、マッケンジー中佐から捜査の指示を受けたカレンとサム。告発したSEAL隊員2人に話を聞こうとするものの、1人が姿を消したため、もう1人も供述を拒否する。元SEAL隊員のサムは真相を追う決意を固め、カレンとFBIのラウントリーと共に部隊が駐留しているアフガニスタンへ。残ったケンジーとディークスは、姿を消したSEAL隊員の行方を追う。
FBI捜査官カルヴィーヨが船上で殺される。カルヴィーヨは相棒のセフードと共に潜入捜査官ラウントリーをサポートしていたが、ラウントリーは3日前にFBIとの連絡を絶ったという。潜入捜査の対象であるスピッツには人々を不法に出入国させている疑いがあり、NCISは司法省のランスと共に捜査を開始。サムが息子に会いに行ったため、カレンとファティマが港で現場検証を行い、ケンジーとランスはセフードと合流する。
切断された手が発見され、イラン反体制組織のアメリカ支部で活動する男性のものだと判明。NCISは被害者が何らかの脅威に気づき、口封じのために消されたと推測する。カレンが休暇を取ったため、サムたちは見学に来ていたFBIのラウントリーと共に被害者の捜索を開始。ところが被害者の車を発見した矢先、ラウントリーがピンチに見舞われる。そんな中、ある重大な決断を下したネルは、ケンジーにこっそり胸の内を明かす。
FBIの隠れ家で火災が発生し、国防総省がNCISに捜査を指示。ケンジーとファティマがFBIのラッシュ捜査官に話を聞くと、隠れ家では亡命を求めるベネズエラ人の反体制活動家がかくまわれていたことが分かるが、ラッシュ捜査官はさらなる情報共有を拒む。一方、カレンとサムは放火の可能性を視野に入れて火災現場へ。骨折して現場に出られないディークスは、ネルが去ったあとの作戦室でエリックと共に捜査をサポートする。
