売り出し中の家で、灰になった遺体が発見される。ブレナンが分析を進める内、被害者は2人であったと判明する。一方、ブースの祖父が療養所でトラブルを起こし、ブースと暮らすことになるが…。
トーレスと共に張り込みをしていたDC警察の刑事が忽然と姿を消す。その後のNCISの調べにより、10年前に起きた殺人事件の新たな証拠が見つかる。一方、大学で特別講義を行っているダッキーは、友人のケイデンス･ダーウィン (スーザン･ブレイクリー) から新たなチャンスを与えられる。
ファースト・シーズンのフィナーレでレッド・ジョンを取り逃したジェーンとCBIのメンバー。その後も次々と事件を解決していくジェーンたちだったが、ミネッリは型破りな捜査方法を批判。さらに追い打ちをかけるように、リズボンのチームをレッド・ジョンの捜査担当から外してしまう。リズボンの元上司サム・ボスコが捜査を引き継ぐが、ジェーンはCBIのコンサルタントを辞めると言いだす。
ピートの遺言に従い、彼を追悼する盛大なパーティーを開いたヴァイオレット。バリ島の葬式のように、歌と笑いと思い出話で明るく盛り上がってほしいというピートの願い通り、クリニックの仲間達をはじめピートを慕う元患者が大勢集まる。最初は気丈に対応するが、弔問客からピートの思い出話を聞かされ続けることに耐えきれなくなったヴァイオレットは、ピートの遺品の革ジャンから見つかったクスリを手に２階のバスルームへと逃げ込む。共にハイになったクーパーは、口を滑らせてシャーロットの三つ子妊娠を明かす。
聖アンブローズに新しい救命医ジェームズ・ピーターソンがやって来た。ひどい悪阻に悩まされるシャーロットに変わり、ジェームズがごった返すERを取り仕切り、アディソン達も全員総出で担当患者の治療に当たる。手首を骨折した少女サラを見て親の虐待を直感したジェームズは、児童保護局を呼ぶよう指示し、長年サラを担当してきたクーパーと対立。また、ジェームズはシェルダンの患者ニックのカルテから彼が小児性愛者だと知り、早く退院させるよう迫る。そんな中、サラが行方不明になり、ニックに疑いの目が―。
