博物館の学芸員ウィル･メディナが、自宅アパート前で頭から大量の血を流し死亡していた。アパート屋上の石像が落下し、頭を直撃したためだった。事故と断定できないベケットとキャッスルは博物館へ調査に向かい、メディナが古代マヤ王の墓の発掘に関わった人物と知る。また、メディナ以外にも墓の発掘に関わった人々が謎の死を遂げ、それは“マヤ王の呪い”と恐れられていたことがわかった。そして、博物館でミイラの棺を開けたキャッスルの身にも、不可解な出来事が次々と襲い始める。
空母に乗艦したカレンとサムは、ハーモン･ラブ大佐と共に人質救出とスパイの確保に当たる。一方、SEALのウォレスと共にイラクに飛んだケンジーとディークスは、CIAのサバティーノと合流。ISISの激しい攻撃を受けながら、ミサイル攻撃に対する各国の報復を阻止するべく、証拠を握る記者と亡命者の行方を追う。そしてヘティと共にサウジアラビアに到着したサラ･マッケンジーは、9年ぶりにハーモンと再会する。
空母アリージャンスから下船したばかりのグラント中尉が射殺される。グラントは麻疹感染の疑いで情報提供を呼びかけられていたが、実際はエボラウイルスに感染していたことが発覚。新任のナヴィド捜査官を出迎えるために空母に乗っていたカレンとサムは、艦内でグラントの接触者を探ることに。一方、ケンジーとディークスはロス市内で捜査を行うが、ケンジーが現場に突入するのをためらったため、ディークスは不審に思う。
空母アリージャンスに乗艦していたリー捜査官が殺害され、カレンとサムは副長のハーモン･ラブ大佐と共に捜査を開始。ネルが病気の母親に付き添っているため、ジャスミン･ガルシア捜査官がエリックの助っ人として登場し、暗号メッセージをやりとりしていた乗員を特定する。さらにロシアの役人が今回のスパイ活動に関与していることが分かり、ヘティは国務省に出向している元JAGのサラ･マッケンジーに協力を求める。
チョウとヴァンペルトの乗る車の前に血だらけの女性が飛び出してくる。彼女は記憶を失っており、身元も一切不明、いわゆる“ジェーン・ドウ”であった。付近で3人の遺体が発見されたことから、“ジェーン・ドウ”は気絶したまま、3人と共に捨てられたと思われる。ジェーンは能力の限りを尽くして捜査に当たる。彼女は誰で、なぜ記憶を失ったのかを究明するために・・・。
