国際強盗団が第二次大戦時の爆薬を使い、現金輸送車を襲撃する。テナント率いるNCISは、強盗団が最後の大仕事を終えて逃亡するのを阻止しなければならない。カイは新居探しを始め、ルーシーとウィスラーは先日の夜のことでギクシャクする。アーニーの現場での任務は予想以上に危険なものとなる。
新興住宅地の沼で女性の遺体が見つかる。付着した虫からは複数の死亡時期が推定されたが、骨髄穿刺の痕が見つかり、骨髄バンクの登録者で4ヶ月前から失踪していた女性と判明する。彼女は幼い娘を病で亡くしていたが、娘の治療をめぐって元夫と揉めていた。また、遺体を超低温で保管する“人体冷凍術”を施されていたことが明らかになる。
1週間で2人の被害者を昏睡させ右脚を切断する事件がニューメキシコで発生した。1人目の被害者は切断中に死亡し、2人目の被害者トニーはモーテルで発見され一命を取り留めた。ロッシはトニーの記憶をよみがえらせ、誰かの車庫にいたことを思い出させた。そんな中、3人目の被害者が病院にたどり着いた。彼の右脚は切断され、他人の脚が移植されていた。脚に使われたインプラントから犯人は車庫に医療設備を備えた医療関係者ではないかと推測された。一方リードは、ある謎の女性と連絡を取っていた。
CDCの調査結果が報告され、ベイリーはブドウ球菌保菌者だったものの、患者へ感染した直接的な原因はペガサス社が採用した外科用手袋の微小な裂け目であったことが判明。除菌を終えたベイリーにはオペ復帰の許可も下りるが、彼女はラボに閉じこもり誰とも口を利かなくなる。イーサンの父ポールをなんとか覚醒させたいクリスティーナや、胴体をチェーンソーで切断されたマジシャンの妻を担当するメレディスは、ベイリーのアドバイスを求めるが一切無視される。ところがベイリーがラボに籠る本当の理由が分かり…。
電磁パルス爆弾の攻撃により機能停止したCTUは、燃料棒を追跡する術を失ってしまう。そこでジャックはNSA(国家安全保障局)に協力を仰ぎ、敵の搬送経路がイーストリバーに絞り込まれるよう、他の経路を封鎖する。案の定イーストリバーにやって来たテロリストらはジャックらの到着を察知し、激しい銃撃戦を仕掛ける。連絡が途絶えたジャックを心配するクロエは、一刻も早くCTUのサーバーを復旧させるため、対立するNSA局員相手に無謀な行動に出る。