ある女性の死と連続殺人犯とのつながりを捜査するCSI。一方、マックが監獄送りにした前科者が彼に付きまとうようになり、マックは最初のパートナーと再会する。
銃に撃たれた黒人の少年を担当したグリーン。少年は死亡し、その兄に治療に人種差別があったと責められる。交通事故に遭ったカーラを診察したジェニーは、お腹の子の父がベントンであることを知る。
ラボが激しい銃撃を受け、マックと元パートナーは17年間の復讐のターゲットになる。
フランスの病原体の施設からエボラ菌が盗まれる。コヴナントが黒幕と睨んだNSCは、菌に感染し、捕まった犯人グループの一人、ボグダンの尋問をシドニーに依頼。犯人達が「第二の仕事」を控えていることを聞き出したシドニーは、犯人グループに潜入するのだが…。
ある刑務所が生物兵器によって襲撃を受けた。数百人が死に、唯一生き残った武器商人ボマーニがサークに連れ去られる。ボマーニ逮捕の情報提供者であるスローンに話を聞きに行ったシドニーとローレンだったが、彼女たちの目の前で、スローンがサークに誘拐されてしまう…。
