ワシントンD.C.に35年前から住むジョンソン家の裏庭から2体の白骨死体が発見された。夫チャールズは工務店を経営する模範市民で、妻ティナ、息子ライルの3人家族。発見された白骨は2体とも息子ライルと同年代の女性で、性器が切断され、10年前に埋められていた。DNA検査で1人の身元が判明した。ライルの高校の同級生、メアリーアン・ベックだ。BAUが取り調べ中に、さらに新たな白骨死体が発見され、それは35年前のものだと分かる。次々と発見される白骨が土の中に葬ったはずの秘密を暴いていく。
ハーヴィーは事務所のため、古くからの知り合いに貸しを返してもらわねばならなくなる。一方、マイクは予期せぬ相手と闘うことに。ルイスは不本意ながらも、自分を変えようとする。
サムにCIA捜査官だった男から電話があり自宅へ行ってみると首つり死体がある。どうやら核爆弾を持って長年潜伏をしている「スリーパー」の存在を調べていたようだ。
1973年、大学フットボールのスター選手マイク・マクシェインが、決勝戦の前夜に殺される。しかし、死亡時刻は試合当日の朝だったことがわかり、再捜査がスタート。文武両道で純粋な性格のマイクは、誰からも好かれていたというが…。
コーヒーを買いに出たバンフィールドは強盗に襲われるが、果敢に反撃してERに戻ってくる。そんな彼女のもとに、塀から落下した体操選手が運ばれてくる。彼女とゲイツはそれが事故ではないことを見抜き、家族から話を聞こうとするが…。