シアトル・グレース病院にインターンとして初出勤したメレディス・グレイとインターン仲間たち。昨日まで医学生だった彼らが、今日からは医師として人の命を預かる立場に立ち、実践訓練を強いられる日々が始まる。病院のスタッフや患者と向き合いながら、彼らは次第に現実の厳しさを目の当たりにしてゆく。そんな中メレディスは、新しく上司となるデレク・シェパードが、前夜に一晩限りの関係を持った相手だったと知って動揺する。
インディアナ州インディアナポリスで連続爆破事件が発生。1件目は夜の学校が狙われ、夜勤の守衛1人が死亡。続く2件目は朝のコーヒー店で、爆発の衝撃によりガス管が破裂し、多数の死傷者を出す大惨事となった。そのコーヒー店で臨月の妊婦を救出した男性アレン･アーチャーは“ヒーロー”と称えられ、連日メディアを賑わすことに。すると、ほどなくしてアレンの車に爆弾が仕掛けられたと通報が入る。モーガンが爆弾の処理に駆けつけ事態は事なきを得るが、その後の調査でBAUはアレンの行動に疑惑の目を向ける。
ワシントン地区を恐怖に陥れた連続レイプ犯を追っているFB捜査官ベン・レイノルズが、ライトマン・グループと組み、最も困難な事件に挑む。ライトマンは刑務所に潜入し、連続レイプ犯が模倣していそうな、有罪確定の病的な嘘つき、アンドリュー・ジェンキンスと友人になる。他方で、トーレスとローカーはジェンキンスのファンレターを探す。
ギブスの元上司が資金の持ち逃げの疑いをかけられる。彼の潔白を証明するためにギブスは自らのキャリアを危険にさらす。
デュガン国防次官の目を盗んでシリアに乗り込んだカレンたちは、重要なターゲットであるアサキームの確保に成功。しかし空母に戻る途中に撃墜され、ケンジーがヘリコプターの下敷きになってしまう。追っ手が迫る中、カレンたちは必死に救出を試みるが、ケンジーは出血がひどく意識不明の状態に。ロスで淡々と私物の整理をしていたヘティは、チームに何かあったことを本能的に感じ、エリックとネルに捜索を命じる。
