エアフォース･ワンに搭乗していた海軍将校が謎の死を遂げ、NCIS捜査官のギブスたちが捜査に乗り出す。また、ギブスはケイト･トッド捜査官にも強制的に協力させる。
カンザスシティでヤマダ家が5日前に失踪した。両親と長女が射殺され遺体で発見されたが、末の息子スコットだけが行方不明のままだった。さらに別の家族アクリン家が消えたとBAUに連絡が入り、チームは現地に向かう。その頃、ヤマダ家と同じ家族構成のアクリン家の両親と娘は人里離れた一軒家に閉じ込められ、息子は犯人から家族を助けるチャンスを3回与えられていた。拉致された2家族はホームページやSNSで家族を紹介し、理想の完璧な家族に見えたが、もろく崩れやすい家族でもあった。
繭に包まれた遺体が発見され、冒険家で考古学者の作家、ジェームズ･サットンと判明する。チェチェン共和国で結婚した身重の妻は、サットンがロシアから何かを持ち込んだ後様子がおかしくなったと言う。ブースとブレナンが保管庫に行くと、何千年も前の人骨が保管されていた。
養鶏場の検査官が失踪した事件は、2人の作業員が見せた奇怪な行動と関連しており、これは珍しい神経疾患の症状だった。
レイチェルの密かな妨害もむなしく、家が売れて引っ越すことに。心の整理ができない彼女を励ますため、グリー部がパーティを開く。カートとデュエットしたブレインは、帰り際に思わずカートにキスし自分の気持ちに気づく。一方、手術を受けて復帰したシャノンは、“シェルドン”として新たな人生をスタート。スーたちから温かく迎えられるが、ボーカル･アドレナリンからひどい嫌がらせを受ける。激怒したウィルは、ある作戦を実行する。
