ジャングルで発見したハッチをなんとか開けようとするためにロックとブーンは破壊力のある装置を作り出すが、扉は開かれず、失敗に終わる。そして驚くべき発見をしたロックとブーンに悲劇的な出来事が起きてしまう。耐えられないほどの頭痛に苦しむソーヤーはメガネを必要とするが、ジャックが彼を助けようする様子はない。
島に辿り着いたソーヤーとマイケルは手を縛られたジンの姿を発見した。ハッチの中では、謎の男デズモンドがこの島にやってきた経緯を話し始める。そして数字を押し続ける理由も…。反発しあうジャックとロックを尻目に、デズモンドはハッチから逃走。壊れたコンピューターにより、数字が押せなくなった彼らに何が起こるのか?
ハイドラ島に渡ったジャックたちは、ウィドモアに捕らえられていたソーヤーたち を救出。全員揃ったところで島を脱出しようと飛行機へ向かうが、一足先に到着していたロックが飛行機に仕掛けられていたC4爆弾を見つける。ロックの指示に従い、代わりに潜水艇を奪ったジャックたちは、そこにタイマー式の爆弾を発見。ロックにハメられたことに気づき、必死に爆弾を解除しようとする が…。
ハッチのスピーカーから突然、カウントダウンが始まる。カウントが「0」になった瞬間、ロックとヘンリーは完全に閉じ込められてしまう。一方、ヘンリーの話しを確かめに、彼が乗ってきたという気球を探しにジャングルに入るサイードたち。そこで彼らが見つけたものとは!?
“他のもの”の中に馴染んでいるジャックを見て大きなショックを受けるケイト。自分を助けに来たケイトに対し、ジャックは故郷に帰ることになったと告げる。その頃ロックは島を脱出する手段が潜水艦だと知り、単独である行動に出る。ロックがこの島にとって重要だと悟ったベンは、ロックから足の自由を奪い、車椅子の生活に陥れた過去の事件に関与する驚愕の事実を明かす。