国土安全保障省副長官のクーパーが、カリフォルニア沖の海底ケーブルに仕掛けられた盗聴器の調査を依頼する。ハッピー、ウォルター、ケイブが原潜に乗り込むが、盗聴器が爆発して原潜は危機に陥る。トビーはハッピーへの想いをつのらせるが、ハッピーはチェットと言う男とデートし続ける。
核弾頭の販売を阻止するため、チームはスーパーヒーロー映画の撮影を装ってカザフスタンに潜入するが、メーガンの手術のためにシルヴェスターは残る。ハッピーを忘れるためにトビーはボクシングの練習に入れ込む。
20年前にボスニアの大虐殺で両親を失い、ケイブに命を救われたというソニアが訪ねてくる。虐殺を指示した戦犯ゾリッチと23人の仲間を長年追い続け、ようやくキューバにいるという手がかりを見つけたたものの、国際警察は助けてくれない。そこでケイブに再び力になってほしいと会いに来たのだった。ケイブの古い知り合いならばとスコーピオンたちはソニアに手を貸す。
チームはMI6の依頼でアフリカ某国の大使の武器取引を阻止しようとするが、国連に潜入した作戦の途中でMI6はチームを脅迫して大使を暗殺させようとする。
ペイジとラルフが乗った地下鉄が暴走した。何とかしてスコーピオンは列車を終点までに減速させなければならない。
