このクロス･オーバー回の完結編では、小児性愛者グループによる事件を解決するために、特捜班が、ニューヨークの性犯罪特捜部と合同で捜査をする。ルゼックとアマーロ刑事のコンビ、ハルステッドとアントニオのコンビが、里親と児童相談所のつながりを突き止めようとする。一方、バージェスとローマンは、病院の監視カメラから割り出した銃撃犯を探し出そうとする。プラットは、殉職した部下を悼み、警官の日々の危険な任務に敬意を表する。
ボイト（ジェイソン・ベギー）とアントニオ（ジョン・セダ）は、連続レイプ・殺人事件の捜査をするために、ニューヨーク市警の性犯罪特捜部のフィン（アイスT）とロリンズ（ケリー・ギディッシュ）に協力する。バージェス（マリーナ・スケルチアティ）は、自分が特捜班の一員にふさわしい人間だと証明する機会を得る。その一方で、リンジー（ソフィア・ブッシュ）は、ハルステッドに恋人のように装ってもらい、高校の同窓会に出席して、当時のライバルを見返そうとし・・・。
ナディアの友人が、ドラッグで死にかけた事件を発端に、特捜班は、ヘロインを売買しているクラブの存在を知り、彼らのブツを強奪する。しかし、そのことが原因で、容疑者たちが、オリンスキーの家で、彼の妻を監禁する。ボイトたちは、容疑者を見つけたと思ったが、実際には別の容疑者がいた。一方、バージェスとローマンは、警察犬部隊のジェン･キャシディとの任務を与えられる。実は、ジェンは、ローマンの元相棒であり、彼女でもあった。
51分署の署員たちは住宅火災に向かう。負傷した家主が地下室から救出される際、怪しげな箱を落としたことから、セブライド小隊長はボイト巡査部長とリンジー刑事を呼び、詳しい捜査が始まる。一方ミルズはニューハウスの危険な副業が報酬に見合わないのではと疑念を抱く。モリーズ2号店ではシェフの必要に迫られていた。
このシーズン6の第1話ではイーライの試みにもかかわらず、アリシアは自分の州検事立候補を拒否している。その一方ダイアンはフロリック･アゴスでパートナーになるかを検討している中、内部問題のせいで事務所の崩壊の恐れがある。
