コスタス・マンディロア

残忍な殺人事件が起こる。捜査を開始した重大犯罪課のメンバーたちは、やがて事件の根底に麻薬の押収に絡む暗い秘密が隠されていることに気づく。一方、レイダーと25年間別居状態にあり公選弁護人である夫ジャックが、仕事のためロサンゼルスに戻ってくる。魅力的なジャックはすぐにラスティとも打ち解けるのだった。

ハワイのビーチに突然ロシアの原子力潜水艦が浮上した。ロシアのハワイ侵略かとビーチは騒然とするが攻撃してくる様子はない。スティーヴが無謀にもゴムボートで潜水艦に近づき乗り込むと、船では反乱が起き船長が殺されていた。

DCで開催されたイベントで爆破事件が起き、NCIS関係者にも死傷者が出る。この事件をきっかけに、パーソンズはギブスやチームに対する見方を改める。一方、バッジを返上したディノッゾとマクギーは、命を狙われながらも独自に事件を調べるが…。今、シーズン11の幕が上がる。

必ずジヴァを見つけると決意したトニーは、彼女の居場所を突き止めるため、手掛かりを追ってイスラエルへ。ギブスたちは引き続き、力を増していくパーサのテロ組織を追う。

ロシア新興財閥のソコロフと電話していた銀行員ネルソンが追突事故で死亡する。2人は暗号を使って会話しており、現場に逃走車のブレーキ痕がなかったことから、単純な事故ではないと見てサムがネルソンの銀行に潜入することに。一方、ケンジーとディークスはソコロフの計画を探るためにアルカディを訪ねる。さらに何者かがカレンの偽名を使ってクレジットカードを作ったことから、カレンとネルは2つの事件の関連性を探る。

ロシア人女性のヴラドレーナがアルカディにメールを送ったあと失踪する。彼女の弟であるソコロフはアメリカの銀行を通して資金洗浄を行っていた過去があり、アルカディはかつて捜査に協力したヴラドレーナに危険が迫っていると主張。そこでカレンたちはソコロフとヴラドレーナの行方を追うが、捜査中に思わぬ人物と出くわす。一方、銀行内の捜査協力者をソコロフから守るために、エリックが修理業者として銀行に潜入することに。