国務省のウィルソン次官がピーターたちに接触。米国人の大学生クリストファーがルビーを盗んだ疑いで、ミャンマーで拘束。本人は身に覚えがなく、真犯人はNYにいるらしく、調べて欲しいと相談してきた。ピーターたちがミャンマー大使に会うと、1週間後に裁判があるという。ニールはピーターを連れて、宝石商のランディの店に行くと盗まれたルビーを発見。売人を突き止めるために、モジーとある計画を企てる。
任務中、ギブスが爆破テロに巻き込まれて重傷を負う。チームのメンバーは動揺を隠せない。
ギブスの命を奪いかけた爆破テロの実行犯を追うチームは、同テロリストたちが9.11規模の攻撃を計画していることを知る。しかし、詳しい情報を持っているのはギブスだけだった。
どこにでもいるごく普通のアメリカ人夫婦、フィリップとエリザベス。実は彼らは一般市民に成りすましたロシア人の工作員だった。アメリカに寝返った元KGB将校の拉致任務を命じられた2人は、引き渡しに失敗。ひとまず拉致した男を自宅に監禁するが、そんな折、近所にFBI捜査官のスタンが越してくる。
ダルトン大統領を乗せたエアフォース･ワンが太平洋上空で行方不明に。副大統領、下院議長、上院議長代行がそれぞれ執務不能のため、国務長官のエリザベスが大統領代行を務めることになる。国防大学で働き始めたヘンリーはロシア人学生をスパイに勧誘するよう命じられ戸惑う。スティーヴィとハリソンがホテルにいたことがバレる。環太平洋経済フォーラムに伴うイベントで、エリザベスは各国代表団の前で替え歌を披露するはめに。
