DCで開催されたイベントで爆破事件が起き、NCIS関係者にも死傷者が出る。この事件をきっかけに、パーソンズはギブスやチームに対する見方を改める。一方、バッジを返上したディノッゾとマクギーは、命を狙われながらも独自に事件を調べるが…。今、シーズン11の幕が上がる。
イーライ･ダヴィードとジャッキー･ヴァンス殺害犯の捜査について、ギブスとチームがやり玉に挙げられる。彼らの型破りな手法は疑問視され、NCISでの将来に暗雲が立ち込める。
ジヴァの父親とヴァンスの妻が殺されたボドナーの事件について、国防総省の独立検察官がNCISチームを調査しに来る。そんな中、ある兵曹が尾行されていると主張。兵曹の言う通り本当に国の危機なのか、あるいは彼の妄想なのだろうか。
ドンのチームは多発する押し入り強盗事件と、資産家を狙った殺人事件との関連を探る。
ロス市警は、自警団と有力な地元ギャングのボスを捕まえるため、ドンと捜査チームに協力を要請する。ゲスト出演：コリン･ハンクス。
