ザカリー・アンスレイ

ダナ・スカリー捜査官は、フォックス・モルダー捜査官によって再開されたX-ファイルと呼ばれる事件の捜査に巻き込まれる。

スカリーはモルダーを埋葬するが、その後、生きていたことが明らかになる。モルダーが完全に回復する可能性はあるが、その代償としてスカリーのお腹の赤ちゃんとスキナーの命を犠牲にしなければならない。

ペアを組んで初めて手掛けた事件の再捜査を行っていたモルダーとスカリーが、UFOによって引き離されてしまう。

エイリアンのクローンであるビリーは、スカリーの赤ちゃんを殺すためにスカリーを追っている。その赤ちゃんはエイリアンによる侵略を阻止する最後の鍵となる可能性があり、保護しなければならないことをクライチェックから知らされる。

モルダーは、ビリーとFBIメンバーとの間に関連性があることを突き止め、その答えを探す。レイエスは、出産を控えているスカリーとともに人里離れた場所に避難する。