サニー・ペラント

FBI捜査官を殺害した容疑で拘置所に収監されたブースは、囚人からも看守からも目の敵にされ、過酷な日々を送っていた。見かねたブレナンは調査で得た情報を使い、担当検事を脅迫。彼を釈放させる。自分を陥れた黒幕を捜そうと必死になるブース。一方、ブレナンたちは環境保護局の職員だったクーパーという男の遺体を掘り起こし、陰謀の真相を突き止めることに。病死とされていた彼が、実は殺されていた事実を突き止めるが…。

爆破されたラボの中に取り残された、ブレナン、ブース、アンジェラ、ホッジンズ。ブースは解除した爆弾を起爆して脱出しようとするが、ホッジンズは危険だと止める。ブレナンは爆発の衝撃で脳に異常が生じ、骨のことが分からない状態になっていた。焦るブース。しかしその後、ようやくレスキュー隊が壁を突破して彼らのもとへ。外で待っていたカミールやバジリ、現場へかけつけたオーブリーもひと安心する。

ブレナンたちはクーパー殺害が発端となった陰謀の解明に挑戦。アンジェラは関係者の相関図を作り、クーパーと彼のカルテを偽装したデュラントが知り合いだったことを発見する。しかし彼は自分もクーパーも何者かに脅され職務上の便宜を図っただけだと釈明。一同はFBIのフーバーが持っていた極秘ファイルが何者かに引き継がれ、人々の脅迫に使われていたと考える。そんな中、フーバーの側近だったウィルソンという男が浮上し…。

森で人工知能研究のパイオニアの遺体が発見され、プログラマーの1人が容疑者として浮かび上がった。またブレナンは自分の誕生日にサプライズパーティーを計画していた。捜査では人工知能を巡り反ロボット団体など次々と容疑者が現れる。そして遺体が遺棄された状況が少しずつ明るみになるにつれ容疑者が絞り込まれていく。

退職し、家庭中心の生活を送っていたブースとブレナン。ところがある日、ブースの遺体が見つかったという知らせが入り、ブレナンはジェファソニアンに駆けつける。

公聴会を間近に控えるブースに、マクナマラ家の情報を持っているという男から電話があり、待ち合わせる。しかし、男は焼死体で発見され、ブースはマクナマラ家の陰謀にFBI関係者がいると睨む。男の身元が判明し、遺体からは乳首ピアスにみせかけたメモリーチップが発見される。一方、公聴会の席で、ブースに思いもよらない事態が起こる。