執刀医デビューの一件以来、一切口を利かないメレディスとクリスティーナ。そんな2人は、刑務所内のケンカで怪我をした死刑囚ウィリアムを担当することに。
死ぬ前にせめて少年を助けてやりたいと臓器提供を申し出た死刑囚ウィリアムは、ジャクソンの提供者に適合していることが判明。
死刑を5日後に控えたウィリアムは、病院で死ぬほうがマシだと手術を拒む。あくまでも医師として規律通りに手術実行を主張するデレクに対し、メレディスはウィリアムに同情的になり、2人の間は険悪なムードに。
ベンの卑劣な要求をのんだロック。その姿を見たベンは、渋々とこの島の秘密と謎のジェイコブについて話し始める。フラッシュバックでは、1970年代にこの島にやって来たペンと、当時島を占領していたダーマ･イニシアティブの様子が明らかに。一方、パラシュートで島に落下したナオミの素性が判明する。そして、海岸の仲間たちはジュリエットがスパイであることを示すある証拠を入手する。
このシーズン6の第1話ではイーライの試みにもかかわらず、アリシアは自分の州検事立候補を拒否している。その一方ダイアンはフロリック･アゴスでパートナーになるかを検討している中、内部問題のせいで事務所の崩壊の恐れがある。
