地域の集会所を狙う連続放火犯を調査する。
脳に寄生虫が入ってしまったアディソンの兄アーチャーが、シアトル･グレース病院に運び込まれる。
FBI捜査官を殺害した容疑で拘置所に収監されたブースは、囚人からも看守からも目の敵にされ、過酷な日々を送っていた。見かねたブレナンは調査で得た情報を使い、担当検事を脅迫。彼を釈放させる。自分を陥れた黒幕を捜そうと必死になるブース。一方、ブレナンたちは環境保護局の職員だったクーパーという男の遺体を掘り起こし、陰謀の真相を突き止めることに。病死とされていた彼が、実は殺されていた事実を突き止めるが…。
ブレナンたちはクーパー殺害が発端となった陰謀の解明に挑戦。アンジェラは関係者の相関図を作り、クーパーと彼のカルテを偽装したデュラントが知り合いだったことを発見する。しかし彼は自分もクーパーも何者かに脅され職務上の便宜を図っただけだと釈明。一同はFBIのフーバーが持っていた極秘ファイルが何者かに引き継がれ、人々の脅迫に使われていたと考える。そんな中、フーバーの側近だったウィルソンという男が浮上し…。
815便の機体後部たち23名の知られざる日々。墜落後、救助を待つ生存者たちだったが、1日目の夜に何者かに襲われ、数名がさらわれた。それからしばらくして子供2名を含む9名がさらわれた。残された人々は、恐怖におびえながら過ごしていき、次第にお互いに対して疑心暗鬼になる。
