物語はロサンゼルス、大統領予備選の当日、深夜0時からスタートする。 ジャック･バウアーはCTUにおいて、大統領候補デイビッド･パーマーを暗殺する計画があることを知らされる。一方、ジャックの娘キムは家を抜け出し、妻テリーは彼女を探しに行く。
テリーとアランは、行方のわからない娘たちを必死に探し回る。ジャックは、 警察に引き渡した男からキムの居所を聞き出そうとする。一方、誘拐されたキムは実行犯リーダーのゲインズに引き渡され、パーマーはリポーター、モーリーン･キングスレーとのミーティングをセットアップする。
ジェファソニアン研究所で評判の高い科学者を父に持つ、同研究所の研修生の女性が黒焦げの状態で研究所の焼却炉から発見される。ブースとブレナンは同僚の事情聴取を余儀なくされる。
Dr.リードがラスベガスで10年前の殺人事件を調査、自分の過去との繋がりを明らかにする。
アクション満載のシーズンフィナーレは、ドレーゼン一族との全面対決。ジャックは、まだCTU内にスパイがいることに気づき、ニーナに知らせる。しかし、ニーナはさらに衝撃的な事実を語るのだった。一方、CTU内のスパイは、誰もが予測し得なかった事態を引き起こす。
