シアナ・コフォード

資産家のミア・ウエストレイクが誘拐される。ボスコとそのチームは、ミアが囚われている場所を特定し突入するが、現場でリズボンのチームと遭遇。ミアの姿はなく、数年前に誘拐された資産家の息子の遺体を発見する。ジェーンは2つの事件の類似性を指摘するが、ボスコは否定的な態度をとる。そしてミネッリは、リズボンとボスコのチームに合同で捜査するよう命じるのだった。

シーズン幕開けは「NCIS ～ネイビー犯罪捜査班」のエピソードの続きからスタート。チームはマックスウェルがハワイに向かったとの知らせを受ける。飛行機を待ち伏せすると、中では数人が死亡しており、マックスウェルの姿はなかった。DCのNCIS捜査官トーレスとナイトも加わって捜査すると、マックスウェルが既にハワイに到着しており、環太平洋合同演習 (RIMPAC) への攻撃を計画していることが判明。チームがマックスウェルを発見した時、彼は近くに隠した爆弾のスイッチを手にしていた。

米国領土内で日本の自衛隊員が殺され、被害者の恋人が殺された日本での事件との関連性が浮かび上がる。無実の人が犯人にされる前に真犯人を突き止めようとチームが奔走する中、事態は外交危機へと発展。一方、ミリアス大佐はテナントに個人的な提案をする。

環境保護活動家が殺害され、テナントらNCISチームは、ある土地をめぐる環境団体とIT長者の争いに足を踏み入れることになる。テナントとミリアス大佐はデートをする。

真珠湾攻撃80周年を前に第二次大戦の頃の骨をめぐる未解決事件を捜査するチームは、その骨が真珠湾攻撃を生き延びて100歳になっているとされる人物のものだと知って驚く。

海兵隊2等軍曹の遺体が廃車置き場で発見され、捜査に当たったNCISチームは違法公道レースの世界に足を踏み入れることになる。一方、テナントはアレックスの隠し事に気をもみ、ウィスラーはルーシーを同僚に紹介することで思い悩む。