アイダホ州の広大な国有林で男性の遺体が発見される。特徴は、何かが内臓を貫通した跡が2つあることと、森林を歩く服装をしていなかったことだった。遺体発見現場の状況から、容疑者がハンターである可能性が浮上。
森の中に潜む、首をはねられた魔女に関するドキュメンタリーを制作していた映画学科の大学生が死体で発見される。遺体とカメラに残された映像を頼りにブースとブレナン達が犯人の割り出しに尽力する。
ジェーンは、ある政治集会で不審な目つきの男が、銃を携帯してうろついているのを発見する。男が変質者で、今にも殺人を犯そうとしていると察知したジェーンは、すぐに男のもとへ駆け寄っていく。一方、リズボンも、殺害されたフォトグラファーの捜査で、同じ集会に駆けつけていた。
レストランに火だるまの男が現れ死亡する。身元は不明で遺体から放射性医薬品が検出されたためNCISが捜査に乗り出す。被害者の家からSEALのバッジが見つかり、元SEALを名乗り偽名を使っていたことが分かる。
深夜の住宅街で赤ん坊の誘拐事件が発生する。赤ん坊は寝室から忽然と姿を消しており、ベビーモニターからは不審な会話が聞こえてくる。現場の状況からFBIサイバー犯罪課のエイヴリー･ライアン捜査官が、上司のシフターに直訴して捜査を引き継ぐ。彼女はサイバー分野の知識に長けた精鋭を率い、誘拐現場となった住宅へ向かう。すると現地ではさまざまな事実が判明し、思わぬ真相が明らかとなる。
