ゴンザレス側に投降したコールソンは、北極にあるヒドラの基地への潜入作戦を提案する。そこはストラッカーとリストが能力者の人体実験を行っている場所で、まず少人数で潜入してマイク･ピーターソンを救出し、ミサイル･システムを解除し、そのうえでゴンザレスたちが基地を破壊するという作戦だ。無謀な作戦のため幹部のウィーヴァーとオリヴァーは異議を唱えるが、コールソンが身内だけを連れて行くと名言したためゴンザレスは賛成する。
冒頭、シールド崩壊の日の回想シーンによって、モース、マック、ゴンザレス、ハートリーの関係が明らかになる。シールドの空母イリアッドの艦長だったゴンザレスはヒドラの攻撃によって絶体絶命。そこへフューリーの命を受けたモースとハートリーが救出に現れ、イリアッドのチーフ･エンジニアだったマックと共にゴンザレスを助けたのだった。
メイのスーパー操縦術でヒドラの撃墜を逃れたバスはサン･フアンに向かい、コールソンたちと合流する。レイナとスカイがヒドラにさらわれたことを知ったコールソンは、ヒドラの到着前に地下都市を爆破することを決意する。
コールソンはスカイを救うため、ドクターの良心に訴えかける。ドクターはジャーインとの過去を話し始める。ジャーインは数十年に一度、人間の命を吸い取ることで生きながらえていた。かつては伝統を存続させるために長老たちが自ら生贄となっていたのだが、ホワイトホールに解剖されドクターに縫合されてからのジャーインは良心の呵責がなくなり、自ら生贄を求めるようになっていたのだ。ドクターがひとつの村を全滅させたのも、ジャーインに生贄を調達するためだった。ドクターはコールソンに「協力させてくれ」と懇願する。
「力はコントロールできる」という本人の主張も虚しく、スカイはインデックス入りが決まる。そして規則として精神鑑定と危険度査定が行われることになり、メイは別れた夫のアンドリュー･ガーナーを半ば強引に説得し、基地に連れてくる。初めは反発していたスカイだが、機知に富んだガーナーとのやりとりに、次第に心を開いていく。
