シエラネバダの丘陵地帯にある企業の保養所で、連続殺人事件が起き、CBIが捜査に乗り出す。ジェーンはそこで、欲望と裏切りにまみれたアメリカの実業界を目の当たりにし、彼らと立ち向かうことになる。
橋が爆破され立入禁止が宣言されてから無法地帯となったゴッサム･シティ。犯罪者や殺人者が幅を利かせ、力を持つ者が各エリアを縄張りにしていた。ゴッサム市警は本部の周辺を管理、150人ほどの住民を保護して食料を提供していたが、ある日、食料庫がスケアクロウに襲われ食料を盗まれてしまう。ゴードンは州政府に食料を届けるよう依頼するが…。
ギャングたちの休戦が実現する。水の毒性レベルも下がってきたことで、ようやく本土からの支援がやって来るが、ゴードンとブルースの前に、ストレンジ教授によって改造され復活したエドアルドが現れる。ゴッサムを混乱に陥れた真の黒幕とその理由がついに明らかになり、ニグマの潜水艦が完成する。そんな中、妊娠中のバーバラが産気づく。
ベインは軍隊を引き連れ、ゴッサムを破壊するという最終計画を実行に移す。ゴードンは、ベインの軍隊からゴッサムを死守することを決意する。一方、ナイッサ･アル･グールはバーバラとバーバラの赤ん坊を誘拐。バーバラから赤ん坊を奪い、自分がアル･グールの子として育てると宣言する。ブルースは、ゴッサムを守るためにウェイン産業のビルを爆破する。
海軍長官の屋敷に何者かが侵入し、移民税関捜査局 (ICE) の捜査官が死亡する。ギブスたちは殺人犯を見つけるため、ICEやFBIと協力し合わなければならない。
