海軍とNCISを根底から揺るがすようなテロ事件が起き、ギブスとチームのメンバーたちは驚くべき真相に激しく打ちのめされる。
チームは海軍を狙うテロリストを追うが、新米のネッド・ドーニゲット捜査官の歯に盗聴器が仕掛けられていたことが発覚し、状況は思いがけない方向に展開する。
海兵隊中尉が殺害され、海軍牧師がコロンビアで姿を消した。トニーとジヴァは現地に飛び、ジヴァが昔から慕っている女性と合流して牧師の行方を捜す。
機密を扱っていた海軍予備役の心理学者が首を吊った。NCISチームが現場を調べたところ明らかに自殺だったが、どうにも疑念が残る。死の真相を突き止めようとするギブスは、国防総省心理作戦部のライアン博士と先を争うように事件解決に挑む。
極秘情報が流出する事件が起き、海軍長官はNCISと心理作戦部と連携して事件の真相を解明しようとする。