ウイルス性の胃腸炎が大流行し、患者で溢れる病院でも、医師やスタッフが次々と体調不良に陥る。そんな中、重症複合型免疫不全症の少年ブレイデンが、感染が原因とみられるおでこの膿瘍で来院。しかし最初に診察をしたジャクソンも胃腸炎でダウンし、以前からブレイデンの主治医だったベイリーとエイプリルが引き継いでオペ室へと向かう。ところが、膿瘍が脳にも広がっていることが判明し、急遽デレクを呼び出すことに。その頃デレクは、世界中の科学者を前に行うスピーチの練習に没頭していたが、彼もまた胃腸炎に感染し…。
海軍の従軍聖職者が殺された事件の証拠集めをするため、グアンタナモ海軍基地に行ったビショップは、NSA時代の自分の仕事に疑問を抱く。一方、ビショップの兄ジョン (ジェシー･ブラッドフォード) とロバート (ジェシー･ジョンソン) が感謝祭に訪ねてきて、妹のデート相手を突き止めようとNCISチームを調べまわる。
ファイブ･オーとDEAが殺人犯を追うが、その男が乗っていた飛行機には大量のヘロインが積まれておりジャングルに墜落していた。一方グローヴァーは、姪のシボーン (ニア･ホロウェイ) がハワイ大学バスケットボールチームのトライアウトを受けにやってきて、大興奮する。
