森で人工知能研究のパイオニアの遺体が発見され、プログラマーの1人が容疑者として浮かび上がった。またブレナンは自分の誕生日にサプライズパーティーを計画していた。捜査では人工知能を巡り反ロボット団体など次々と容疑者が現れる。そして遺体が遺棄された状況が少しずつ明るみになるにつれ容疑者が絞り込まれていく。
海兵隊員の家で泥棒の死体が発見される。死体にはデライラと国防総省が追っていたテロ組織のロゴも残されていた。
数人の研究者の凍死体が発見される。モルダーとスカリーは、この殺人事件が未来からのタイムトラベラーによるものではないかと疑う。
ホルブルック刑事の相棒、タナー警部補が町にやってきて、4人を厳しく取り調べ、ワイルデンの死との関連性をつかもうとする。“A”に操られ、両親の不当な監視下に置かれたエミリーはパニックを起こす。ハンナはこの新たな危機を助けようとするケイレブに苛立ち、警察の捜査に集中しようとする。そしてトビーは母親の死に関する新しい情報を見つけるが、それはさらなる疑問を呼んだだけにすぎなかった。一方、アリアはジェイクと出掛けている間に気まずい出会いをし、スペンサーはメリッサにワナを仕掛ける。
ハンナは母親が危険な秘密を抱えていることを心配し、どんなことをしても母親を守ろうと決心する。それが原因で、ホルブルック刑事と会っても居心地が悪い。アリソンのものから手がかりを見つけた4人は、気味の悪い仮面職人に行きつく。エミリーをひと目で気に入ったこの男が、ローズウッドの別の住人と結び付けてくれるかもしれない。スペンサーとトビーは、トビーの悲痛な過去を探り、メリッサはローズウッドに戻ってくる。一方、“A”がエミリーの母親パムを狙ったことで、アリアは自分の母親エラに必死に嘆願する。
