森で人工知能研究のパイオニアの遺体が発見され、プログラマーの1人が容疑者として浮かび上がった。またブレナンは自分の誕生日にサプライズパーティーを計画していた。捜査では人工知能を巡り反ロボット団体など次々と容疑者が現れる。そして遺体が遺棄された状況が少しずつ明るみになるにつれ容疑者が絞り込まれていく。
海兵隊員の家で泥棒の死体が発見される。死体にはデライラと国防総省が追っていたテロ組織のロゴも残されていた。
数人の研究者の凍死体が発見される。モルダーとスカリーは、この殺人事件が未来からのタイムトラベラーによるものではないかと疑う。
漁網にかかったサメの胃の中から、NSA分析官ラーソンが発見される。ラーソンの上司カーターに話を聞くと、別の分析官ディルも3日前に失踪。ラーソンとディルはテロ組織を追跡していたが、組織に身元が割れて捕まった恐れがあるため、カーターも身の危険を感じてロスから避難しようとしていた。その後、ディルと特徴が一致する人物が精神科に入院していることが分かり、カレンが患者を装って潜入捜査を行うことに。
裁判所でのキャサリンの証言は、母親殺しの容疑者の有罪を立証するのに不十分であった。その上、キャサリンは殺人犯の自由を確保した弁護士アダム･ノヴァックと前に付き合っていた!
