満月の夜には何かが起こる。妊婦限定のヨガ教室からのSOSを受けボビーとバックが駆けつけると生徒が次々と産気づき、アシーナとヘン、チムニーは人食い男に対峙する。アビーが受けた通報では、通話中の女性が何者かに襲われ殺されてしまう。殺害された女性の元夫が容疑者として捕まり事件は解決したかにみえたが、何かが腑に落ちないアビーは自ら調査を開始する。そして別々に思えた奇妙な出来事が、次第に繋がっていく。
心臓移植を必要とする患者の少年が、自分には他人の心臓をもらう価値はないと手術を拒む。担当のクリスティーナは少年の心境が理解できず、バークと衝突する。
予算削減を強いられERの人員が大幅に減らされる。ベテランで高給取りの看護師が解雇され、不慣れな新人看護師が患者の振り分けを担当するが、頭部外傷の患者を軽症扱いし、処置遅れで患者が死亡してしまう。コンラッドは患者の身元を捜索する。そんな中、ERを訪れた年配の女性がガンであることが判明。デヴォンは専門医のハンターに助力を依頼。一方、ニックは、ハンターがリリーに投与する抗ガン剤の量に疑問を持ち、リリーのカルテを取りに彼女のクリニックを訪問する。
シーズン6の幕開けでは、ギブスが兵曹の殺害事件を捜査。事件とヴァンス局長によるチーム解散に驚くべき関係があることを知る。
1975年、8歳の少女メラニーが森で行方不明に。実はその森は、メラニーと親友のシュリースがよく一緒にホタルを見ていた場所で、2人だけの内緒の遊び場だった。当時、肌の色が違う2人が親友であることに、周囲は好意的ではなく、トラブルが絶えなかったことがわかってくる。
